Am 20. Januar 1853, seinem Namenstag, wurde der 31jährige Sebastian Kneipp als Kaplan nach Boos versetzt. Der damalige Pfarrer Joseph Reiser war schwer erkrankt, so dass nahezu die ganze seelsorgerische Arbeit durch den Kaplan Kneipp besorgt werden musste.
Aus seiner Booser Amtszeit ist die älteste Kurvorschrift für die Jungfrau Columba Haas aus Kronburg überliefert. Hier hatte er erstmals Wickel eingesetzt und verschiedene Anwendungen seiner Wasserheilkunde kombiniert.
In der Selbstbiographie schreibt Kneipp, auf die Tätigkeit in Boos zurückschauend: "In Boos hatte ich mit der Seelsorge genug zu tun, und wenn ich alles aufgeboten habe, von den Kranken frei zu werden, so war es mir doch nicht möglich; es gab so viele Arme und Hilflose".

Sebastian Kneipp beschäftigte sich hier vielfach mit Wasserheilmethoden, wobei er sich die Feindschaft von Herrn Dr. med. Mannheimer aus Fellheim und von Herrn Apotheker Semmelbauer aus Babenhausen zuzog, die ihn beide im Feb. 1854 beim Kgl. Landgericht in Babenhausen auch wegen dieser Angelegenheit verklagten.
Sowohl bei der geistlichen als auch der weltlichen Behörde wurde gegen den Herrn Kaplan Stimmung gemacht. Kneipp reichte am 2. April 1854 eine Verteidigungsschrift beim Kgl. Landgericht Babenhausen ein. Der Freispruch lautete: "Kurieren Sie die, welche keine Hilfe bekommen oder kein Geld haben, um Hilfe zu suchen und seien Sie ein Helfer in der Not".
Die von Eugen Ortner in dem Roman "Ein Mann kuriert Europa" erfundene Verurteilung zu zwei Gulden Polizeistrafe hat es nie gegeben. Ortner berichtet auch von drei Cholera-Toten in Boos, was sich jedoch wegen der fehlenden Daten im "Sterbe-Register" aus dem Jahre 1854 eindeutig widerlegen lässt.

Kaplan Kneipp wurde zwischen Juli und August 1854 zu einer Booser Magd gerufen, die an der damals herrschenden Cholera erkrankt war. Kneipp ließ ein großes Leinentuch in heißes Wasser mit Essig tauchen und der Magd auf den Leib legen. Nach sechs Minuten waren die Krämpfe verschwunden, das Erbrechen hörte auf, ebenso das Abführen. Dieses einfache Mittel, drei- bis viermal wiederholt, heilte die Kranke. Durch die Behandlung von Kaplan Sebastian Kneipp starb kein Booser Bürger an Cholera. Deshalb erhielt er den Beinamen "Cholera-Kaplan" und wurde als "Wundermandl" bekannt.
Vor dem Königlichen Landgericht in Babenhausen wurde Kneipp am 15. Juli 1854 als Pfarrvikar zu Boos vereidigt und eingesetzt. Drei Tage später setzte das Bischöfliche Ordinariat Augsburg den Vikar von Holzkirchen C. Lindinger in Boos als Vikar ein, dieser starb jedoch am 15.08.1854 im Alter von 28 Jahren. Kneipp blieb Kaplan, weil die Vorgesetzten seine Heiltätigkeit missbilligten. Tragisch war, dass Kneipp in Boos die Cholera erfolgreich bekämpfte, im September 1854 sein Vater im Alter von 56 Jahren in Stephansried jedoch an dieser Krankheit starb.
Am 23. November 1854 um ½ 8 Uhr hielt Kaplan Sebastian Kneipp in Boos seine letzte Beerdigung; bereits am nächsten Tag wurde er als dritter Stadtkaplan nach St. Georg in Augsburg versetzt.
Pfarrer Kneipp verfügte in seinem Testament u. a. die Stiftung einer Jahresmesse in der Pfarrkirche Boos, weil er auch an diesem Ort lebte und wirkte.